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職業別・投資戦略

年末調整と確定申告の違い|会社員が申告を確認する10ケース【2026】

年末調整で完結する範囲と、会社員でも確定申告が必要・還付対象になり得るケースを比較。副業、医療費控除、住宅ローン初年度、株式損失を整理します。

年末調整と確定申告で扱う控除を確認する会社員と給与担当者
会社で処理できる控除と、本人の確定申告が必要な控除・所得を分けて整理します。

年末調整と確定申告の違い

この記事のポイント
  • 年末調整で処理できる範囲は限定的。医療費控除や住宅ローン初年度などは本人が申告
  • 確定申告が必要な場合と、還付のために任意で行う場合を分ける
  • 年末調整済みでも追加で確定申告可能
  • e-Taxなら自宅で提出可能。還付申告は原則として対象年の翌年1月1日から5年間

会社員の多くは年末調整で所得税等の精算が完了しますが、年末調整は勤務先へ提出した資料と給与に関する範囲が中心です。医療費控除、住宅ローン控除の初年度、副業所得、株式の損益通算などは、本人による確定申告の要否を別に確認します。

比較項目年末調整確定申告
手続きをする人勤務先納税者本人
主な対象給与と勤務先へ提出した控除資料副業、不動産、譲渡などを含む年間所得
代表的な控除基礎・扶養・保険料控除など医療費控除、寄附金控除、住宅ローン控除の初年度など
株式・FX等原則として扱わない申告区分や損益通算の可否を商品別に確認
提出時期勤務先の指定期限対象年分の法定申告期間。還付申告は別の期間規定あり

判断するときは「申告義務があるか」「源泉徴収された税金の還付を受けられるか」「所得税の申告が不要でも住民税の申告が必要か」の3点を分けます。副業の20万円基準だけを見て申告不要と決めると、医療費控除などの還付申告時に他の所得を含める必要がある点を見落としやすくなります。

確定申告が必須の5ケース

  1. 給与年収2,000万円超:年末調整の対象外
  2. 2か所以上から給与:年末調整されなかった給与収入と給与・退職所得以外の所得の合計が20万円を超えるなど、所定の条件に該当
  3. 給与以外の所得が20万円超:副業(雑所得)、不動産所得、譲渡所得等
  4. 同族会社の役員等で受取がある:会社からの貸付金利子・賃貸料
  5. 退職所得で源泉徴収不足:「退職所得の受給に関する申告書」未提出

確定申告が有利な5ケース

  1. 医療費控除の計算額がある:補てん額を差し引いた医療費から、10万円または総所得金額等の5%のいずれか少ない額を控除して判定
  2. 住宅ローン控除の初年度:2年目以降は年末調整可
  3. ふるさと納税6自治体以上:ワンストップ特例適用外
  4. 上場株式等の譲渡損失:一定の要件で損益通算や3年間の繰越控除を使う場合は申告
  5. 災害・盗難の被害:雑損控除

追加:他にも確定申告で得になるケース

  • 年の途中で退職し、再就職していない
  • 外国税額控除(米国株配当の二重課税回避)
  • 寄附金控除(認定NPO等)
  • セルフメディケーション税制
  • FX・先物・暗号資産の利益

よくある申告漏れ

1. 通勤交通費の医療費控除

通院時の公共交通機関の費用は医療費控除対象。Suica履歴やExcelで記録しておけば後で集計可能。

2. 配偶者の医療費

専業主婦の配偶者・子・親の医療費は、所得最多者の確定申告で合算可能。

3. 退職時の年末調整未実施

年の途中で退職して同年内に再就職しない場合、所得税の払いすぎが多く、確定申告で還付されることが多い。

4. 配当金の二重課税

外国株配当に外国所得税と日本の所得税等がかかる場合、一定額を外国税額控除として申告できることがあります。控除額には所得税額などから計算する上限があり、外国で差し引かれた税額がそのまま全額還付されるとは限りません。

5. 暗号資産の利益申告

暗号資産の売却・交換・決済などで所得が生じた場合は、年間の取引を集計します。給与所得者向けの所得税の申告不要基準に収まる場合でも、住民税の申告が必要になることがあるため、自治体の案内も確認します。

確定申告の流れ

  1. 1月:源泉徴収票・各種証明書を集める
  2. 翌年:国税庁が公表する対象年分の申告期間を確認(還付申告は原則として翌年1月1日から提出可能)
  3. e-Taxまたは税務署窓口で提出
  4. 還付の場合、1〜2ヶ月で銀行振込
  5. 納付額がある場合、対象年分の法定納期限までに納付
還付申告は5年間有効

還付目的の確定申告は、対象年の翌年1月1日から5年間できます。「去年医療費控除を忘れた」場合も、過去5年分まで遡って還付申請可能です。

e-Taxのメリット

  • マイナンバーカードで認証:自宅完結
  • マイナポータル連携:源泉徴収票・医療費通知・iDeCo掛金・生命保険料控除証明書を自動取込
  • 計算誤りを自動チェック:申告書作成コーナーが計算
  • 処理状況を確認しやすい:送信後の受付結果や還付処理状況をオンラインで確認
  • 添付書類の省略:源泉徴収票等の添付不要

確認ポイント

  • 住民税の申告は別途必要なケース:所得税の20万円ルール適用時
  • 申告漏れ発覚時の追徴:本税+無申告加算税+延滞税
  • 副業分の住民税:徴収方法の選択可否や勤務先への通知方法は所得区分と自治体の取扱いを確認
  • 国民健康保険料への影響:所得が増えると保険料も上昇
  • 扶養判定への影響:基礎控除や扶養親族等の所得要件は改正があるため、対象年分の基準で確認

まとめ

年末調整後に確認する順番は、年末調整されていない給与や副業所得、医療費・寄附・住宅ローン初年度、株式等の損失、外国で課税された所得です。申告義務と還付申告を分け、源泉徴収票と各種証明書をそろえて国税庁の作成コーナーで試算すると、申告の要否と必要書類を判断しやすくなります。

参考情報

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本記事は情報提供を目的とした一般的な解説であり、投資助言ではありません。 記載内容は執筆時点の情報です。最終的な判断はご自身の責任で行ってください。 詳しくは投資情報に関する免責事項をご確認ください。